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L'orgue de Saint Clément est le plus ancien de l'agglomération cherbourgeoise. Il témoigne d'une certaine façon de construire les orgues vers le milieu du 19e siècle.
Cet instrument a été monté à Saint Clément en 1881, mais il a été reconstruit à partir d'un instrument plus ancien datant d'environ 1850. Venant de Rouen il est attribué au facteur d'orgue Gadault. Lors de son arrivée, il est placé en tribune. Beaucoup trop haut (sept mètres) et trop poussé dans le fond, il sera démonté et transporté, vers 1900, dans le choeur de l'église, à la place des stalles de gauche actuellement. Puis lors de la construction du Maître Autel actuel, il prendra la place de l'ancien Maître Autel, dans l'abside.
Une nouvelle fois enfermé sous une demie coupole et trop loin de l'espace de célébration liturgique, il sera à nouveau déplacé en 2003 afin d'être remonté dans la chapelle Saint Clément.
Sa disposition en biais, dans la chapelle, lui donne la proximité souhaitée. L'organiste, quant à lui, est proche de l'Autel et peut donc facilement observer le déroulement de la liturgie. Cette place est aussi appréciée des divers organistes accueillis pour des concerts en soliste ou avec choeur et orchestre.
L'orgue de Saint Clément est composé de deux plans sonores : un clavier de 54 notes sur lesquelles sonnent 9 jeux, et un pédalier de 30 Marches sur lesquelles sonne un unique jeux de soubasse 16'.
Voici le descriptif du matériel sonore :
Clavier : Flûte 8' (basses et dessus) - Bourdon 8' (basses et dessus) - Salicional 8' - Prestant 4' - Doublette 2' - Mixture 4 rangs - Cornet 5 rangs (dessus) - Trompette 8' (basses et dessus) - Hautbois 8' (dessus) - Clairon 4' (basses)
Pédalier : Soubasse 16'
Accouplement : Accouplement Clavier/ Pédalier - Appel de la Soubasse - Appel des trompettes - Retrait des trompettes.